Действие «Братства» начинается в 1499 году, когда Эцио после разговора с Минервой бежит из Рима вместе со своим дядей Марио Аудиторе. Затем тосканский город, где находилась вилла Аудиторе — Монтериджони,— осаждён огромной армией Папской области, усиленной французскими отрядами. Осаду проводит сын папы римского — Чезаре Борджиа. Пушки Борджиа разрушают город, а Чезаре на глазах у Эцио убивает дядю Марио. Проведя уцелевших жителей Монтериджони по катакомбам, Эцио решает отомстить Чезаре и отправляется в Рим. По дороге Эцио теряет сознание, так как во время боя ему прострелили плечо.