Сюжет Mass Effect: Legendary Edition разворачивается вокруг капитана Шепарда, элитного солдата, который должен объединить галактическое сообщество против высокоразвитой расы Жнецов — древней цивилизации разумных машин.
Во время прохождения каждой игры игрок делает выбор, который может повлиять на сюжет различными способами. Все решения из предыдущей игры переносятся в следующую.