Сюжет игры вращается вокруг главного героя по имени Артём в виде истории, напечатанной им на старой пишущей машинке. Он родился за несколько лет до разрушившей всё ядерной войны, которая началась по неизвестной причине и стерла с лица земли современную цивилизацию, оставив около 40000 выживших людей в Московском метрополитене, а самого Артёма сделала сиротой. Москва, где разворачиваются события игры, также была превращена в руины, а тем сорока тысячам москвичам и гостям столицы повезло избежать смерти, лишь укрывшись в московском метро. Теперь Артему предстоит сражаться за свою жизнь с кровожадными мутантами, которые заполоняют станции метро в надежде добраться до выживших, а также предотвратить новую катастрофу исходящую от нового вида мутантов, ранее не встречавшегося в подземельях метро.